慈濟自創校以來，除了對人文教育的重視外，對於醫學人才的培育用力也最深。這些年來，本校醫學系、護理系、醫技系畢業生服務於社會不同的角落，已建立良好的口碑。隨著時代的進步，社會的需求，本校也相繼成立了醫學研究所、生命科學研究所及臨床醫學研究所，積極培養生物及醫學之教學研究人才。
今日的科學研究，需要不同知識、技術的配合與合作，例如臨床問題的解決，需要基礎醫學的協助，而健康照護的推廣需要公共衛生與醫學資訊的支援，基礎醫學與臨床醫學的整合，已是醫學研究重要的發展趨勢。本校校園不大，醫院與大學校區比鄰而立，基礎與臨床教師互動頻繁，更是有利於此項活動的推動。而且學校為鼓勵教師做整合型研究，已建立校內整合型研究計畫，通過者每年都有適當的經費補助。基礎與臨床醫學的整合即為重點之一，因此行政的整合將有助於教學研究的整合。而且我國的人口成長趨緩，研究生也相對減少，因應這些趨勢的改變及更有效集中本校資源，自99學年度起由醫學研究所、生命科學研究所、臨床醫學研究所之博士班整合為醫學科學研究所，內分基礎醫學、臨床醫學、健康科學等三組，108學年度將原組別臨床醫學組及基礎醫學科整併為醫學科學組，現有組別為醫學科學組及健康科學組，有專任教師7位，合聘教師35位，師資陣容完整，課程多樣性，無論在課程上、研究上，學生都有多樣的選擇。